高中生名侦探——工藤新一，某一天在调查事件途中，被两个身份不明的黑衣男子强灌毒药，致使身体缩小成儿时模样。为了找寻这两个黑衣男子，新一不得已化名为“江户川·柯南”，隐藏身份潜伏在女朋友(毛利兰)家中，想借助小兰的父亲(毛利小五郎)来找寻黑衣男子，不料毛利小五郎不但对新一找寻黑衣男子没有帮助，还是个冒失的迷糊侦探，新一实在看不过去，只好帮助毛利小五郎破了许多案子并寻找黑衣男子的线索，因此毛利小五郎名声大震。